Flora
Con base en la combinación de factores climáticos, geológicos y edáficos con temperaturas mayores de 28 °C y escasas lluvias y con predominio de suelos salinos se dan las condiciones para que en estas tierras se desarrolle una vegetación característica de un bosque tropical muy seco, según la clasificación de zonas de vida de Holdridge, el cual presenta una fisonomía que dominan los arbustos delgados espinosos, con hojas muy pequeñas y un estrato denso de hierbas combinados con cactus en gran proporción. En las áreas donde existe una menor cantidad de agua se observa una vegetación de tipo desértico dominado principalmente por herbazales bajos y cactus. En pequeñas áreas que circundan las ciénagas principalmente en la ciénaga de Balboa se presentan las condiciones ambientales para el desarrollo del Manglar, también se presentan pequeños parches arbustivos mezclados con suelos desnudos propensos a la inundación. En Puerto Colombia predominan el Roble, el Trupillo, el Matarratón, la Ceiba, entre otros.
Fauna
La fauna está íntimamente ligada al ofrecimiento de hábitat de un ecosistema el cual depende del tipo de cobertura vegetal y la calidad de agua exceptuando las ciénagas, los ecosistemas terrestres que se presentan en el Municipio, en condiciones naturales no pueden ofrecer ni sostener una calidad de hábitat el cual albergue gran diversidad y número de especies de alta importancia científica o para la conservación de los grupos faunísticos sumado a estas condiciones ambientales naturales, las construcciones para vivienda, industria y recreación e infraestructura como vías, caminos y algunas pequeñas áreas dedicadas a la ganadería y agricultura, han terminado por diezmarse, transformar o acabar la oferta y la calidad de hábitat para la fauna silvestre que antes habitaba la región, sobreviviendo posiblemente en pequeños grupos de especies de tipo generalista.
